慣らし運転についてはいろいろな説がありますが、自分はこう考え、下記のように慣らし運転を行っています。

エンジン
普通の量産車であれば単体で組み上がって、組み上げ後の試験等で回されてから車両に積まれるものですので、それほどシビアになる必要はないはずです。
1000kmとかでオイル交換をしてもきれいなオイルが出てくるのは当たり前。
最初のうちはおとなしめに運転して、だんだん回転を上げて回るエンジンにしてあげるのが良いように思います。
RX-7の時は普通の量産車ではなさそうだという判断から慎重に慣らしを行いました。

ミッション(+CPU)
本当に慣らしが必要なのはコレじゃないでしょうか。
動力伝達系については、MTもATも急に高負荷を掛けないよう、ゆっくりあたりを付けていってやるべきでしょう。
また、最近の車はかなり電子制御化が進んでおり、運転の癖を学習したりするので、CPUの学習という部分を考えてもいきなり過激な運転(フル加速とか)は避けたいものです。

足回り
これもなにげに慣らしが必要な部分のひとつ。
新品の時となじんできたときとかなりフィールが変わります。
足回りの構造を考えると慣らしが必要なのも簡単に理解できるはず。

あとは細かいパーツですね。
ブレーキパッドだとか、マフラーの焼きだとか。

長期にわたり車の調子を保つには、しっかり上記のような慣らし運転を行った方が良いと思います。